自己完結型の .NET Framework アプリケーションを展開することは可能ですか?

WiX を使用して、アプリケーションをインストールする前に必要なフレームワークをインストールする「ブートストラップ」インストーラーを作成できます。

http://wixtoolset.org/documentation/manual/v3/howtos/redistributables_and_install_checks/install_dotnet.html