スタンフォード大学の TSurgeon と Tregex はそれを行うことができます。ライブラリは http://nlp.stanford.edu/software/tregex.shtml からダウンロードできます
それができる汎用言語は知りませんが、XPath のようなものを探しているようです。
パターンベースのツリー書き換え用の TXL があります。
パターンによるツリーの書き換えは、ANTLR などのパーサー ツールキットでも行われます
ボトムアップ ツリー書き換えによるコード生成、Google BURS または BURG。